日本国内でアヒルの卵を、大量に仕入れたいのです。

先ず、食品の加工販売になりますから、食品衛生法の許可申請が必要です。
加工場の詳細な仕様や衛生管理体制など、食品衛生法に沿って設備や資格者を配置して申請する必要があります。

資格者がいない場合はあなた自身が資格を取るのが手っ取り早いと思いますが、受験には実務経験が必要で、国家資格ですから、試験を受けて通らなければなりません。
詳しくはお近くの保健所に聞いてください。

また、設備を整える時点で最低でも数百万円必要になりますから、個人事業として起業するつもりなら資金を用意してからです。

アヒルの卵は生のものを加工するのでしたらかなり難しくなります。
国内に飼育している農園は少なく、あったとしても安定して供給してくれるかどうかは分かりません。
月にトン単位の消費なら、中国かベトナムあたりから直接買い付けるか、商社を通じて輸入するのが普通です。
しかし、そんなにたくさん売れる商材じゃありませんから、産地と契約して・・・つまり、農家に前金を渡してアヒルを飼ってもらい、一定量を買い付ける契約を結ぶ・・というのがおそらく唯一の方法でしょう。
この場合も契約するだけでも数百万円は必要になると思います。
そのお金で新しく飼育施設を建設して飼い始めてもらう・・・と言うことになります。

一定の売れ先を先に確保してからじゃないと商売になりません。