chromeの拡張機能を作り、パッケージ化した物は、

配布パッケージ(例えば、拡張子crx)の実体はzip形式で圧縮されたファイルですので、容易に内容を確認する事ができます。
Chromeウェブストア経由で特定のユーザーに配布する形式を行っても、インストール先のフォルダー(例えば、Windows版ではユーザー用フォルダーにあるChromeが管理するフォルダーに配置されます。)に展開された状態で保存されます。

Chromeウェブストアには全体に公開を行わない(直接URLを入力する事で拡張機能のページにアクセスできる)設定があります。
ファイルを直接配布する場合では、インストール先の環境の設定や警告表示の対処が必要となる為、特定の人物に配布する場合でもChromeウェブストア経由の方がトラブルが少なくなるかと思います。