戦国期～江戸初期周辺を舞台にした「西洋ｖｓ東洋（日本）もの」を教えてください。

架空という範疇で。1.についてのみですが。
『夢幻のごとく』では、織田信長が本能寺で死んでいなかったという設定で、世界統一を目指します。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%A4%A2%E5%B9%BB%E3%81%AE%E5%A6%82%E3%81%8F
『RED』では、主人公ではないですが、主人公の仲間的なポジションに「西南戦争に参加して敗れ、落ち延びてきた元士族」が登場します。ただし行先は欧州ではなくアメリカです。
https://ja.wikipedia.org/wiki/RED_(%E6%9D%91%E6%9E%9D%E8%B3%A2%E4%B8%80)
『陸奥の刻 アメリカ西部編』では、ご存じ「陸奥圓明流」の使い手が、こちらもアメリカに渡ります。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%99%B8%E5%A5%A5%E5%9C%93%E6%98%8E%E6%B5%81%E5%A4%96%E4%BC%9D_%E4%BF%AE%E7%BE%85%E3%81%AE%E5%88%BB#.E3.82.A2.E3.83.A1.E3.83.AA.E3.82.AB.E8.A5.BF.E9.83.A8.E7.B7.A8

１．について回答します。
・該当記事のブックマークコメントにも書いた佐藤賢一『ジャガーになった男』が商業作品としては知られています。支倉常長とともにイスパニアにわたった主人公は仲間と別れ、やがてオランダ独立戦争で戦うという展開があります。
・荒山徹『友を選ばば』は日本から来たウィロウリヴィングと名乗る隻眼の剣士とあのダルタニヤンの友情と冒険の話です（荒山先生得意の朝鮮伝奇ものではありません）
・毛色は違いますがゲキ×シネ「薔薇とサムライ」は石川五右衛門が欧州の海賊となり他の海賊や王家の陰謀と戦う話です（公式サイト　http://www.geki-cine.jp/bara-samu/）
・希望されている話と逆パターンでローマから来た騎士が蒲生家の武士になる幸田廣信＆太田ぐいや『蒼眼赤髪　ローマから来た戦国武将』という漫画があります。

1.
サムライ・ラガッツィ_-戦国少年西方見聞録-
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B5%E3%83%A0%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%BB%E3%83%A9%E3%82%AC%E3%83%83%E3%83%84%E3%82%A3_-%E6%88%A6%E5%9B%BD%E5%B0%91%E5%B9%B4%E8%A5%BF%E6%96%B9%E8%A6%8B%E8%81%9E%E9%8C%B2-

この漫画、主人公がローマを目指すんですが、中国→タイ→インドまで冒険を続けたところで終わってしまったようですね…

シュミレーションノベルになりますが孔明と秀吉とナポレオンが戦う
「豊臣三国志―南柯亭夢筆・著『軍書狂夫午睡之夢』より」はこの範疇に入るのでしょうか。

史実に関する話だけですが、
明と日本のハーフの鄭成功は、台湾でオランダ勢力と戦争をしてますね。

一方で日本人が欧米に行くのはキリスト教や貿易交渉に関することなので、敵対行動を考えるのは難しいのでしょうね。

ヨーロッパ人が多く来ていた東アジアや東南アジアを舞台にした方が、それっぽい話は作りやすいかもしれません。
東南アジアの王朝では日本人やヨーロッパ人を傭兵として使っていたこともあったので。

佐藤大輔「信長新記」本能寺で生き残った信長が日本を統一し、世界制覇した世界での信長の伝記と言う体裁の架空戦記。問題は本作は信長が国内統一した時点で続刊が出ないこと。肝心の西洋との戦いが書かれていません。現代の歴史家が書いているという設定なので、地の文で断片的にその後の状況が引き合いに出される程度です。

１：は近作だと「海傑エルマロhttp://www.heros-web.com/works/elmaro3.html#worksNavi」もあります。