大学院生が獲得した研究助成金は教員のもの？

ご助力うんぬんじゃないでしょうｗ
こんな公開の場に書いたら当人の耳にも入りかねません。
当人が聞いたら証拠になるものは処分して、全てあなたの自作自演の使い込みに仕立てるでしょう。

さっさと大学事務局と教授会関係者に報連相しましょう。
社会人経験のない学生さんは組織における報告連絡相談を理解していないのでしょうか。
分からないこと不明なことがあったらネットに密告するより先に上層部に報連相です。
それでもだめなら警察に相談です。
使い込まれた金の管理責任を問われるのはあなたです。
報連相を怠ればすべてあなたの責任です。

逆に、教授が獲得した外部資金を、あなたは1円も使ってないのでしょうか？もしそうなら権利を主張しても良いでしょうが、実際、あなたが在席しているだけで光熱費等(外部資金で支払えませんが…)を消費している訳で、100%権利主張は難しそうです。
しかし、教授とうまくいってますか？今回の外部資金以外に問題がある気がします。教授がメチャクチャなだけという可能性もありますが…

あなたの研究計画に基づいて出された資金を、ほかの用途で使うことはできません。
すぐに資金源に通報してください。

アカハラですね．そして研究費の不正流用ですね
どちらも教員（教授？）が絶対にやってはいけない事です

２つ質問があります
1) 学位を取った後の就職先はどのように考えていますか？
2) 学内に，相談出来る教授レベルの先生は何人いますか？

1)については
まず優先すべきものは「目先のお金」ではなく「今後の人生」だと思います
つまりまずは卒業して就職することです

学生向けの助成金なんて精々数百万円ですよね？
残りの人生を賭けて取り返すほどの価値はありません

たとえば卒業してその後アカポスのような人生を考えているなら
教員や大学事務とは仲良くしておいたほうが良いです

2)については
行動を起こす前に，同じ学科の別ラボの教授に相談するべきです

その教授が頼れる，つまり今後の学位審査や就職のお世話になれそうなら
今の教員や今のラボは切り捨てる方向で，財団に直接通報しましょう．

通報すると財団から大学にクレームが届きます．
大学の事務と教員は予算の管理義務があるので，この件は立派な不祥事です．
外部からクレームが届いた時点で大学側はこの件を見逃すことができませんし
その教員は最悪クビになります


学生だと実感が涌かないと思いますが
これは今後の人生に恐ろしく影響する話だと思います
たとえば学位審査は教員が行うものであなたの研究能力はあまり関係しません．
たとえばアカポスへの就職活動では教員のコネとか推薦状が必要になる場合が多々有ります．
つまり教員に嫌われると確実に人生詰みます．

個人的には，頼れる教員が他に居ないなら
卒業＆就職するまでは今の教員で我慢したほうが良いと思います

まぁ、投稿者の主観的なものがメインの相談なので事実関係が分からない。

>所属研究室の教員から「そのお金は君の自由にはさせない」と言われました。突然のことで一瞬頭が真っ白になっているのですが

実際問題、そんな悪役顔負けの恫喝をする教員が実在するのか？
実在するとしても、その前後の経緯が分からない。

もしかしたら、教員側が投稿者の常日頃の言動から研究費の私的流用？を心配して、用途に関しては相談してから支出するようにーと指導したのを、投稿者がヒステリーに受け止めて私のお金を奪う気！！って過剰反応していることも…？？

よくある話。これを財団に通報すれば、教員は重い懲戒を受けますね。また、通報しないと、会計検査で、自分の責任にされてしまう。だから、すぐに財団に電話しなさい。