どなたかアドバイスお願いします。

本人が日本国籍を取得されたら父親の住民票の請求とかやりやすいと思うけど・・・。
調査そのものは候補の自治体に直接請求して虱潰しになると思います。
興信所に頼む手もあるけど日本国籍がなければ何かとやりにくいと思う。
ただ、日本国籍の取得に関しては、本人の気持ちを考えてあげるべき事柄だと思います。

自分の親族とは云え、日本国籍でない外国人が日本人の戸籍や現住所を調べるのは、非常に難しいと思って間違いは無いです。

通常の方法では無理ですし、NPO法人や探偵事務所（興信所）が裏に手を回したとしても、簡単に除籍謄本等の書類が入手できません。
昨今は官公庁での個人情報保護が徹底されていますので、職務外で庁内から住民基本台帳ネットワークにアクセスしても、その後の調べで簡単に不正が発覚してしまいます。

一番簡単なのは弁護士に依頼して、弁護士会照会制度（弁護士法第23条の2）を利用するのが一番ですが、これにはそれなりの費用がかかります。

失礼な云い方で申し訳ありませんが、費用が用意出来ないのであれば、諦めるしか無いと思います。
また、ボランティア（実費程度）で調査をしてくれる弁護士を探す方法もありますが、人権派弁護士でなければ難しいと思います。
（弁護士もお金にならない仕事はしたがらない）

追記しますが、依頼者の出自を証明するにはフィリピンの出生証明書謄本（官公庁発行・英文）とその翻訳文が必要です。
翻訳文には翻訳者の証明書が必須で、日本の翻訳代行会社に依頼すると1通1万円程度かかります。
フィリピンの公用語は英語なので、英語に長けた人であれば翻訳可能ですが、官公庁に提出する場合は、翻訳文の正確性が問われますので、翻訳代行会社や司法書士や行政書士等の書士が証明書が必要と思われます。