今，auのiphone5を使っているのですが，simフリーのiphone6をappleストアで買ってきて，iphone5から抜いたauのsimカードをiphone6に入れたら，使えるようになりますでしょうか？

使えるって、KDDI が言ってたようです。

アップルのスペシャルイベントでiPhone 6 / 6 Plusが発表されました。12日、KDDIはiPhone 6 の発売に関する記者説明会を開催。SIMロックフリーモデルを購入した場合について疑問点を確認しました。
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auのiPhone 5 / 5s のユーザーがSIMロックフリー版のiPhone 6/6 Plusを購入して、au回線のフル機能（TD-LTE / CAなど）を使えるのか？
auのiPhone 5 / 5sを使っている人がそのnano SIMをApple Storeなどで販売するSIMロックフリーの端末で使う場合でも、auで契約・機種変更したiPhone 6 / 6Plusと同等にフルスペックの回線が利用できます。
　

アップルのSIMロックフリー iPhone 6 / 6 Plus、au SIMカードでフル機能利用可 - Engadget Japanese