国内線で那覇に行くのに羽田か関西国際空港からいく場合に、駅到着から出発までの時間をできるだけ短縮したいです。預け荷物なしでオンラインチェックインが一番速いと思います。JAL,ANAであればオンラインチェックイン、預け荷物なしなら駅到着から出発まで30分以内ですむでしょうか？他の航空会社や時間もあればお教えください

ジェットスターもウエブチェックインがありますがさほど変わらないですね。
http://www.jetstar.com/jp/ja/planning-and-booking/checking-in/web-check-in
一応、ジェットスターでも直接保安検査場行けるとありますが公式には書いていないです。
http://goryugo.com/20130401/jetstar_web_checkin/
ANAならスキップサービスという搭乗手続きをせずに直接保安検査場行けるサービスで時間短縮できるようです。
http://www.ana.co.jp/dom/checkin/skip/

JAL,ANAであればオンラインチェックイン、預け荷物なしなら駅到着から出発カウンターまで30分以内ですむと思います。ただし余裕は持った方がいいと思いますが・・・。
http://www.kansai-airport.or.jp/index.asp
http://www.tokyo-airport-bldg.co.jp/

http://www.ana.co.jp/dom/checkin/skip/

※ 15分前までに保安検査場を通過されない場合、ご予約済みであってもご搭乗いただけないことがあります。

https://www.jal.co.jp/dom/service/touchandgo/guide.html

※便出発15分前を過ぎますと、お乗りいただけない場合がございます。

ＡＮＡ・ＪＡＬとも出発の１５分前には保安検査場を通過するのが原則でございます。
飛行機をご利用なされたことがおありになればお分かりになると存じ上げますが保安検査場はかなり並んで待たされるものでございます。
ご自分の準備が万端であったと致しましても前に並んで折るお方が検査に時間を要すれば下手をすると２０分以上は並ぶこともしばしばでございます。
出発の時間が迫っておった場合には閉めていたゲートを開いて優先的に検査が行われる場合もございますが確実ではございません。
新しくゲートを開くときにも６～７名ほどが到着してから検査の準備を開始するまではゆうに５分はかかりましょう。

羽田空港の場合には出発ロビーまでの長いエスカレータがございますし駅に到着と申しますのが電車がホームに到着した時間だといたしました場合には保安検査場まで５分は見ておいた方がよろしかろうと存じます。

これらの時間を合算しますと３０分では少々心もとないかと存じます。
よほどの早朝か夜の場合を除きまして４０から５０分は見ておいた方がよろしかろうと存じます。

https://www.tokyo-airport-bldg.co.jp/map/terminal2/2nd_floor_detail_2.html

まず、ANAのサイトでSKIPであらかじめチェックインをしておき、
バーコードを印刷した物かアプリをインストールして使えるようにしている
携帯を手に持っていることが前提。

多いときで年間50回くらい乗りましたが、
30分前駅到着で乗れないことはANAの場合皆無でした。
荷物はバックパックかPCバックくらいで、
全力で走れれば、
モノレールから出発ロビーは2分。
京急からで4分くらいです。
ただし、自分が乗り遅れそうで、全速で走ってる危険なやつだということを
「すみません、通ります！！」とか声を出して、周りに知らせながら
移動してください。
他人には非常に有害な行為であります。

駅についたときに、出発時刻の20分前ぐらいだと、
人様のご厚意にすがらなければ、まず乗れませんが、
30分だと大丈夫なことも多いと思います。

時間が迫ってもとにかく、あきらめるのは乗れないとわかったとき。
それまでは、「なんとしても乗る！！」の気合いが大事です。

もちろん、保安ゲートが込んでいれば、
並んで順番を待っている間に、すでに並んでいらっしゃる方々に、
お願いして先に通してくださるように
譲っていただかなきゃならない時間がきてしまい
搭乗のファイナルコールを食らうことがありますが、
そのときは、ファイナルコールを受けたことを近くの
地上職員に知らせると助けてくれます。
保安検査所の入り口までいけていれば、まず、乗れます。

経験談です。真冬の金曜日、朝、行き先は北海道、
修学旅行もいて、大混雑してました。
羽田、第二ターミナル、キャリアはANA。

京浜東北が遅れ、モノレールが羽田第二ターミナルについたとき、20分を切ってました。
全速力でターミナル中央のエスカレータを「ごめんなさい！！」と叫びつつ出発ロビーに駆け上がり、
あらかじめ携帯で確認したゲートが、62より大きければ、右に行った一番近いCゲートで
61より小さかったら左に行ったBゲートで
「乗り遅れそうです！！」と便名と行き先、出発時刻を叫びながら
携帯（私は携帯のアプリで乗るので）をかざし、
荷物をスキャナーに通す準備をしながら、ゲートの入り口に接近、
地上職が駆け寄ってきて、ほかのお客さんを拝み倒して、
先に通してくれて、そのとき15分を切ったか切らないか。
この際、譲ってくれた人たちに一言「ありがとうございます！」を忘れずに　

那覇行きは、７８７が多いと思うので、ゲートは近いかもしれませんが、
57までと66から先のゲートは角を曲がってかなり先になるので
かなり走ると思います。
なるべくなら動く歩道は使わず走るようにお願いします。

動く舗道上を走るなら、人とぶつからないように、声をかけながら走ってください。
のんびりたってるお年寄りや小さなお子さん連れのお母さんなど
たくさんいらっしゃいます。
ぶつかってしまったら、まず乗れません。

スターアライアンスのゴールド以上のステータスの人間と一緒なら、
優先搭乗口で、同じことを。
優先搭乗口は入り口がわかりにくいので、事前確認が必要。
時々、優先搭乗口が人であふれているので
（金曜日の伊丹発羽田行き最終の時間とか
月曜日の広島行き、大阪行きの一番の時間とか）
そのときは、一般ゲートを使った方が確実です。

ただし、人数が増えると乗れない確率はあがります。

その後は、オンタイム出発率世界一を死守しているANAでは、
ほかのお客さんがすべて乗っている状態で、おそらく、一つだけあいている搭乗口を入って、
「こいつか！！」とみられながら機内を席まで移動することになるので、
それを覚悟しながら全力で走ってゲートに向かう。

６０～６３ゲートとかなら、近いが、
北海道行きの50番台、西の方や九州四国方面行きの60番台後半のゲートまでは
冗談抜きで数百メートルあり、その間、
自分の名前を構内アナウンスで連呼されるという恥ずかしさ付きですが、
間に合ったことがあります。
保安ゲート通過後は、あなたがゲートに現れ搭乗するまで
ほぼ飛行機は飛ばないですから、極力トイレは我慢し買い物はしないこと。
とにかく、全力でゲートに向かってください。
他の人を待たせてしまうことになるかもしれません。
トイレも離れたところにしかないゲートもありますので。

機内で席にいく途中は、
遅れたことを申し訳なく思ってる態度を忘れず。
結構にらまれます。

ただし、これを当たり前にいつもやっていれば、
必ずいつか、乗り遅れることでしょう。
友人が15分縛りで搭乗を断られて会議に遅れました。