羽田からハワイへ飛行機で行くのですがマレーシアのように撃墜される可能性はありますか？ そういう地域は避けて飛行しますよね？

基本的に紛争地域を通過する可能性がないと、撃墜ということにはならないと思います。
たまに、大韓航空機のように領空侵犯して引き返さないということで攻撃対象となる可能性はあります。しかし、民間航空機を領空侵犯で撃墜というのはありえない話です。（でも、実際撃ち落とされましたが・・・）
中東とアフガンとウクライナあたりでなければ、撃墜はないでしょう。
国境紛争地帯はいくつかありますが、いずれにしろ羽田ハワイ間に存在する「公海上」では、”テロ以外”撃墜の危険はありません。


つまり、ほんのわずかですが、”テロ”で撃ち落とされる可能性があります。
が、気にするほどのことはないでしょう。