団体の会報を発送する際くろねこメール便を使っていたら、転出先不明で沢山の封書が戻ってきました。不審に思って届け先に電話をしたら一時仮住まいで他にいるが転送先は郵便局に届けてあるとのこと。くろねこメールは安いがこうした際はサービスがないので大勢に出すような時は使わない方がよいでしょうか？

ケース・バイ・ケースではないでしょうか？
通常は、大量の転出が一度に発生するわけではなければ、特に問題はないかと思われますが。
ただ、宅配便のメール便は、全国津々浦々までネットワーク網が一社で完備されていることはないので、時間がかかる場合が多いです。
一通あたりの費用が左程違わないのであれば、郵政の信書で素直に出しておいた方が無難ではないかと思います。

あらかじめ緊急連絡先としてEメールで送れるようにしとけば、転出があった時でもメールで転出先が伝えられるということもできますので、使い方次第だと思います。
ただそれが困難な場合は郵便で送った方がいいと思います。