裁量労働制で残業代を支払う必要はありますか。

本来、裁量労働制に残業代はありません。見なしで出る場合は、それだけの時間外を予め見なすだけで、乱暴に言えば所定労働時間が9時間になっているようなものです。ただ、フレックスではないので、出社時間が定まっているのは問題かもしれません。
という事で、裁量労働制では無いか、正しく運用されていない可能性はありますが、書かれている内容だけでは「告発」には不十分かと。相談に行って下さい。その際、就業規則、協定等の写しが必要でしょう。

http://www.houko.com/00/01/S22/049.HTM#s4
裁量労働制は38条3～

裁量労働と言いながら、時間が決められているのですね。残業代を払わないための言い逃れとしか思えません。

みなし残業として25時間分の給与が...とのことですが厳密に言えばこの時間を超えた場合、超えた分の残業代を支払う義務があると考えられます。

1号さんと同様、各種資料を持って、労基署にて相談するのが良いです。