少女漫画とか萌え系の瞳のハイライトの描き方がよく分からない

人によります。瞳の上半分大きくハイライトを入れてさほど不自然でない人もいます。（ちゃお系に多いですが少年漫画で野球漫画の川三番地さんも。）
ハイライトが小さいひともいます。瞳の輪郭のリングをちょっと白で断ち切るだけの人など。
また瞳孔をかかずベタ塗りするいわゆるレイプ目を多用する人もいます。
目線が出しやすいのは、瞳孔がはっきり書いてあるもので、小さめのハイライトです。
表紙などのカラーイラストにするときは、ビー玉のような透明感を出すためグラデーションが使えますので、光源を考慮してやるのがいいでしょう。
自分の目を鏡で見たり、ビー玉をよくみて表だけでなく裏のハイライトもいれて透明感をだしてください。

あとピカチューはよくみると右上にハイライトありますよ。ドコ見てるかわからないといえばそうですが。
いつも必ず右上にするか左上かで悩む場合、たぶん、右手でゆがめてかくくせがついてるのでひっくりかえしてすかしてみるとゆがんでます。ゆがんでない絵はどっちにハイライトつけてもそうへんではないでしょうね。

　この質問では、描いた絵を添付してないと、なんとも言いようがありません。
　一般的には、黒目が大きいとハイライトが視線として認識される傾向が大きいので、ご質問の「少女漫画・萌え」系では、ハイライトが視線として認識されがちとは思います。
　ただ、「少女漫画・萌え」系の目は視線があやふやでもわりと成立する(強固な意思を感じさせる必要がない)ので、あんまり気にしすぎないでいいんじゃないか、とも思ったりします。
　繰り返しになりますが、実際絵を見てみないと、ハイライトが原因か、他の部分に原因があるのかは分かりません。