basic認証後のホームページに掲示板があり　pdfデータがたくさんあります

wget というコマンドラインで使う定番のダウンロードソフトがあります。
http://gnuwin32.sourceforge.net/packages/wget.htm

BASIC認証で使うユーザ名とパスワードも指定することができます。
http://webos-goodies.jp/archives/51277893.html

-i オプションを使ってダウンロード対象のファイルのリストを指定して --http-user と --http-password を指定する方法でご希望の処理が実現できるのではないかと思います。

WebAuto
テレホーダイ時代にお世話になりました。
シェアウエアですが、体験版として動作します。

Irvineを使えばできます。

「基本 編」を読んでください。
http://www.gigafree.net/internet/download/irvine.html

5.ダウンロードの際に認証が必要である場合は、「認証」にチェックを入れ、「ユーザー名」 「パスワード」をそれぞれ入力します。

一括ダウンロード

http://www.vector.co.jp/soft/winnt/net/se331243.html

WeBoXというフリーソフトがあります(最近は更新停止中ですが)。
http://webox.sakura.ne.jp/software/webox/
BASIC認証の方法が特殊ですが(認証画面が出ず401エラーになる)、インストール後
「設定」→「取り込み設定」→「パスワード」でユーザー名とパスワードを指定することで認証できるようになります。

http://www.vector.co.jp/soft/winnt/net/se331243.html
これはどうですか

これ、いかが？
http://blog.livedoor.jp/tiger_85_03/archives/52898758.html