MT車で交通量の多い交差点の真ん中でエンストして信号が赤信号に変わった場合

ならないように予測運転するに越したことはないですが、そうなってしまったらハザードランプと車のライトを上向きにしておかしいということを知らせましょう
http://www.sutv.zaq.ne.jp/kazu-t_mt/05-08.htm

そのような状況では下手に動くと事故を招きかねないので、動かずapple_1416さんの仰るように、ハザードランプなどで周囲に自分の存在を知らせ、注意を喚起しましょう。

MT車向け エンストとは

バッテリーが生きていれば、ハザード ランプをつけられますので、速やかに後続車に知らせます。

周りの車に知らせることが大事ですね。

とりあえずはハザード。
ＭＴ車とのことなので、自分の技術の問題でエンストしたのなら焦らず落ち着いてエンジンを掛けなおし、ゆっくり進んでください。
技術でなく車自体の以上であり、バッテリーが生きていれば、ギアを入れた（１速か２速）状態でクラッチを踏まずにセルを回せば、ガクガクしますが前に進みます。踏切脱出の要領と同じです。
当然周囲の状況に気をつけながら実施してください。

みなさんのおっしゃるように、周囲に車が動かない状態であることを知らせることが大切だと思います。
私は教習所で事故などのときは三角停止表示板などを使うように習いました。

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http://shift-up-club.com/2/post_71.html
車の運転のコツ
エンストとは
・エンストしたらどうすればいい？
・移動ができな時は速やかに後続車に知らせる必要があります。
そのためのグッズなど。

普通にギアをニュートラルにして
エンジンかければいいのでは？
当然ですよね。

エンジンがかからないのであれば
普通にニューラにして普通車なら降りて押せば動きますよ。
邪魔にならないところに移動しましょう。

設問は止まっただけなので、再スタートが正解です。

まず，ハザードで周りに知らせます。
赤信号の間に，三角停止表示板を置きます。
そして，再スタートを試みて下さい。

駄目であれば，呼びましょう。