はてなーに人気のあるマンガやアニメってどういったものなんでしょう？

はてブでよくホットエントリに入った印象があるのは

• ドラゴンボール論
• HUNTER×HUNTER論
• おおかみこどもの雨と雪論
• 魔法少女まどか☆マギカ論

あたりですかね。

考察したり批判したりの余地がある奥深さと、そういう議論に堪える分厚さが条件なんじゃないかと思います。
そういえば、よく「重厚な世界観」と評されるベルセルクなんかはてブでほとんど見かけませんね。はてなーにとってはあんなの少しも分厚くないということなんだろうか。

はてなーといってもそれぞれ分布が異なるのですが、一般のネットユーザーにくらべてちょっとだけ年齢層が高いのが特徴かとおもいます。
　
人力回答者群のラノベに関する回答（こうみていると古めから現在にかけての名作ＳＦを好む感じがしますね）
【ラノベ】 あなたにとってのライトノベルとは……？ 関連質問：.. - 人力検索はてな
　
もうすこし母群の広いはてなハイク
好きなラノベを一冊づつあげていく - はてなハイク

スペースも似た感じで、各名作に棲み分けしているという感じになるかとおもいます。
ダイアリ、ブクマはもう把握できません。
　
アニメはやはりマドカマギカなどでしょうか。
あと、ハテナでは、なんとなく、
名作でいい働きをした脇役にひっかかってずーっと似顔絵をかいてしまう人が居心地よくすみついています。
私の知り合いの範囲での絵描きハイカーさんはそれぞれ
伝説巨人イデオンのナブール・ハタリ推し
トランスフォーマー・ザ・アニメーションのプロール押し
天元突破グレンラガンのロシウ・アダイ押し
銀魂の吉田松陽先生推し
などです。（特撮系や、初音ミクがお好きな方もいらっしゃいます）
今は進撃の巨人が共通ネタかもしれません。盛り上がりっぷりを冷静に横目でみながら
たまにオープニングの替え歌ユーチューブへのリンクを貼っておもしろいのがあったよーなんて話をしては、またidページに潜って自分の好きな絵を書いたりしている感じがします。
　
声優マニアもいらっしゃいますし、作画スタッフさんのうごきを「うごめも」を関連づけて学ぶかのようにおいかけていらっしゃる方もいらっしゃいます。ひたすら新作動画を見ている方もいらっしゃいます。アニメニュースブログの更新をロボットで投稿しては失敗している人もいます（いつになったらリンクミスに気づくのだろうか）。
　
主観では、３０台以上が多く、それぞれの好みのジャンルがしぼりこまれています。
ミーハーにすべてをおいかけて新しいものを探す体力も時間もありません。
でも、一度なにかのきっかけで好きになったら長続きします。
そんなふうに専門化されてきている印象です。
　
低年齢層の「うごめも」はイナズマとかマギが人気でしたね。

この辺が参考になるかもしれません。
はてなダイアリー - 注目Amazon商品

はてブ3ケタ以上の無料WEB漫画を集めてみた
http://matome.naver.jp/odai/2132935881274675701

こんな感じだとおもいます。

レベルＥ（上） (集英社文庫―コミック版)

• 作者: 冨樫義博
• 出版社/メーカー: 集英社
• 発売日: 2010/09/17
• メディア: 文庫
• 購入: 5人 クリック: 85回
• この商品を含むブログ (43件) を見る

プラネテス(1) (モーニングKC (735))

• 作者: 幸村誠
• 出版社/メーカー: 講談社
• 発売日: 2001/01/20
• メディア: コミック
• 購入: 19人 クリック: 453回
• この商品を含むブログ (452件) を見る

モテキ (1) (イブニングKC)

• 作者: 久保ミツロウ
• 出版社/メーカー: 講談社
• 発売日: 2009/03/23
• メディア: コミック
• 購入: 33人 クリック: 1,075回
• この商品を含むブログ (478件) を見る

3月のライオン (1) (ジェッツコミックス)

• 作者: 羽海野チカ
• 出版社/メーカー: 白泉社
• 発売日: 2008/02/22
• メディア: コミック
• 購入: 16人 クリック: 1,016回
• この商品を含むブログ (971件) を見る

ヒストリエ(1) (アフタヌーンKC)

• 作者: 岩明均
• 出版社/メーカー: 講談社
• 発売日: 2004/10/22
• メディア: コミック
• 購入: 11人 クリック: 136回
• この商品を含むブログ (283件) を見る

よつばと! (1) (電撃コミックス)

• 作者: あずまきよひこ
• 出版社/メーカー: メディアワークス
• 発売日: 2003/08/27
• メディア: コミック
• 購入: 27人 クリック: 502回
• この商品を含むブログ (755件) を見る

個人的には、「うみべの女の子」がここ最近で一番のヒットでした。

うみべの女の子 1 (F×COMICS)

• 作者: 浅野いにお
• 出版社/メーカー: 太田出版
• 発売日: 2011/03/17
• メディア: コミック
• 購入: 8人 クリック: 353回
• この商品を含むブログ (68件) を見る

うみべの女の子 2 (F×コミックス)

• 作者: 浅野いにお
• 出版社/メーカー: 太田出版
• 発売日: 2013/02/21
• メディア: コミック
• クリック: 13回
• この商品を含むブログ (19件) を見る

なんか過疎ってるかもという噂があるはてなスペースですが、マンガのカテゴリーがこちらです。
http://space.hatena.ne.jp/-/category/animation_and_comics/comics

投稿数がゼロのものは無視するとして、それなりに投稿があるものは現時点でのはてなーが気になる漫画だと思います。
既出の回答とクロスオーバーするものもありますし。
こんなトピックも作成されています。
http://space.hatena.ne.jp/~/14290001378108534344#14290001378108534346

日常

http://d.hatena.ne.jp/mame-tanuki+tiraura/20110927/anime_2011autumn

すこし古い情報ですがこちらはどうでしょうか。

こんなところでしょうか？

http://q.hatena.ne.jp/1354701294
http://q.hatena.ne.jp/1354008723

これって強力です。

http://q.hatena.ne.jp/1251777149

http://b.hatena.ne.jp/hotentry/game

こちらをみるのもいいですよ。