git で管理していると .git というディレクトリができます。web アプリの場合だとこのディレクトリにアクセスすることができたりするので、気になります。どう対処するのが一般的なのでしょうか？　(a) .git 管理下にはおかないようにバージョン管理する。（clone して、.git 削除とか）　(b) .htaccess で、セキュリティの制限かける。(c) 気にしない。　どうも、(c) 気にしないが　多いような気がするのですが、そうなんでしょうか？

(b) を選ばない理由がないと思います。

http://q.hatena.ne.jp/1358400941

どうも、(c) 気にしないが　多いような気がするのですが、そうなんでしょうか？

いや、気にしましょうよ　:-|

バージョン管理システムの管理ディレクトリを見せないように.htaccess - daigotoの備忘録

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CSVとか.svnとか.gitとかできちゃうよね。DOCUMENT_ROOT下にあるけど見せちゃダメだよね。ということで、.htaccessで制御。mod_rewriteで。

RewriteRule "(^|/)(CVS|\.svn|\.git)/" - [F]

--git-dirと--work-treeを使えばウェブサーバー側にそれほど手を加えなくてもいけそうな感じですね。

http://stackoverflow.com/questions/5283262/what-is-a-git-work-tree-why-have-i-never-needed-to-set-this-as-an-env-var-why

ソース管理とWEBアプリの公開は別の話ですよね？

■大原則

最終的には、 .git というディレクトリなどの管理系のものはWEBアプリとは関係ないものですし、また、その情報を見せることはよろしくないので、
公開されているシステム（アプリ）では、何らかの制御をして見せないのが大原則

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(a)は、アプリを公開やデプロイするときの話で、いらないものは削除しましょうという路線で、業務の時などはこの路線が多い気がします。
(b)は、(a)をするのが面倒だから、とりあえずユーザーから見えなければよいやという路線。理由によってはあり得るケース。
(c)は、プロならたぶんありえないと思います。ただ、htmlの静的ファイルだけだとか、管理ファイルの中を見られてもまあ問題ないだろうという路線の時はあり得るケース。

多くは(a)です。
ソースの取出しが即公開場所なら、(b)でも仕方がないでしょう
http://q.hatena.ne.jp/answer

五月雨式になっちゃったんですが、最近のGitだと「--separate-git-dir」オプション使ってcloneすることがベストプラクティスな気がしています。さっき知ったけど。

ウェブアプリケーションのGitリポジトリの先端を追いかける
http://iwaim.hatenablog.com/entry/2013/01/17/164552