「エバーノートでの不満をカバーできるサービスを教えてください」

ひとつのアカウントで複数人でノートを書いているのですか？
ノートにコメントを書きたいシチュエーションを教えて下さい。専用のクライアントなのかウェブ上からなのか。
evernoteの埋め込みに対応したwikiのようなものがいいとか。
PC,スマホなのかとか。

> もしかしてクライアントに記事に対するコメント機能やサブＩＤ機能があったりするのでしょうか？
パッと見なさそうでした。

この質問の要望を元にEvernote連携サービスを考えるとしたらどのような形になるのか、ぼんやり考えてみましたが、
ノートにコメントを付けるためにわざわざ専用のウェブページにアクセスするのはめんどくさいですし、専用クライアントを開発しても12月リリース予定のEvernote Businessにその機能があったら水の泡なので、使い方の工夫で解決するのがいいかなぁと。
例えば、ノートごとに固有の"idタグ"を付けて、その記事に対してコメントするノートを書くというのはどうでしょう。
元のノートには"idタグ"を必ず付ける。
コメントのノートは、対応する"idタグ"を付ける。さらに"コメントタグ"を付けるか、タイトルを[コメント]～で始めるなどのルールで運用する。

でもやっぱりノートをタグだけで繋ぐ形だと、コメントが付いてるかどうかなど視認性が悪いですね…。
Evernoteはあくまでノートのスクラップ的な利用が適していて、
各ノートにコメントを付けるのは、グループウェアなどがいいですよね。
適当なグループウェアにEvernote埋め込むプラグイン、wiki…

「サブＩＤ機能」かどうかはわかりませんが、公式のクライアント（win,mac）にはアカウントを1クリックで切り替えられそうな項目がありました。
切り替えに伴いノートも分かれてると思うので、今回の要望には合わないと思いますが。

ノートブックの共有機能がありました。ノートにコメントを付けられるかは未確認です。（たぶん出来なさそう）
Evernote [ノートブックの共有] 他のユーザーとノートを共有するには - できるネット＋（できるネットプラス）
http://dekiru.impress.co.jp/contents/054/05431.htm