iphoneなどのスマホ同士でskypeあるいはLineにて通話を行った場合は全てパケット通信の形になり、一切通話料はかからないという認識は合っていますでしょうか

LINEのヘルプでは

LINE（ライン）の音声通話やトークの機能は、すべて無料でご利用いただけます。

ただし、ご利用の携帯電話会社にはデータの送受信にかかる通信料をお支払いいただく必要がございます。
パケット定額サービスに加入されていない場合は、接続毎に料金が発生し、多額の請求となる場合がございますので、定額サービスへの加入をお薦めいたします。

と書かれていて利用の携帯電話会社にはデータの送受信にかかる通信料をお支払いいただく必要あるようなので定額サービスへの加入をお薦めします。
http://line.naver.jp/app/iphone/help/ja/

同じくSkypeもパケット定額サービスに入らないと莫大にかかるようですので、ソフトバンクのパケット通信の料金をお読みになられると良いかと思います。
http://mb.softbank.jp/mb/smartphone/price_plan/packet_lite_smart/

AUとスカイプの組み合わせだと一部のユーザーだと課金される場合もあるようです。

auの“Skype”のみ、“docomo”“Softbank”と違い、通常のネット回線ではなく通話用の回線を使用した特別仕様のSkypeです。

そのため、12月まではネット定額プラン【ISフラット】に加入せずとも無料でSkypeを使用することが可能でした。

ここが、“禁断のアプリ”としてauが一番Skypeを押していた理由です。

ネットはwifiだけ！通話プランも一番安いの！　といった豪の者のみ、
今後は課金されるという事です。

ご注意下さい。

http://www.skype-mix.com/2011/11/au-skype-1.html

LineもSkypeも最低パケット通信料がかかります。
固定電話や携帯電話の場合は有料です。

http://bit.ly/Pdnzy3
http://bit.ly/Pdnla7
http://www.amamoba.com/pc/kaietai-muryoutuwa.html

通話料はかかりませんよ。