Smartyを経由しPHP5.2.17で作成した配列をJavaScriptへ渡す質問です。

・PHP側

// javascript内で使用するため、デリミタを変更しています。
$smarty->left_delimiter = '<!--{';
$smarty->right_delimiter = '}-->';

$stations = array(
	0 => array('station' => '曙橋', 'lat' => 35.692415, 'lng' => 139.722900),
	1 => array('station' => '新宿三丁目', 'lat' => 35.690637, 'lng' => 139.706281)
);
$smarty->assign('stations', $stations);

http://www.smarty.net/docsv2/ja/language.escaping.tpl
※デリミタの変更など共通する設定は、すべてのファイルに記述するのは面倒ですから、セットアップファイルに記述すると便利です。
http://www.smarty.net/docsv2/ja/installing.smarty.extended.tpl


・テンプレート側

<script type="text/javascript">
var stations = [];
<!--{foreach from=$stations key=key item=item}-->
stations[<!--{$key}-->] = ['<!--{$item['station']}-->', <!--{$item['lat']}-->, <!--{$item['lng']}-->]
<!--{/foreach}-->
// alert(stations); // 確認
$(function(){
	$('#googleMap').gmap(stations);
});
</script>

http://www.smarty.net/docsv2/ja/language.function.foreach.tpl

{literal}タグが展開されず、そのまま表示されますので使用しません。(代わりにデリミタを変更して対処しています。)
http://www.smarty.net/docsv2/ja/language.function.literal.tpl

{literal} タグに囲まれたデータのブロックは、 リテラルとして認識されます。これは一般的に、Javascript やスタイルシートなどで 中括弧がテンプレートの デリミタ として解釈されるとまずい場合に使用します。 {literal}{/literal} タブの内部は解釈されず、 そのままで表示されます。{literal} ブロック内にテンプレートタグを含める必要がある場合は、代わりに {ldelim}{rdelim} で個々のデリミタをエスケープしてください。

・複数マーカーの場合平均は、javascriptで計算した数値をcenterに渡すようにすれば大丈夫です。

	var num = station.length;
	var lat = 0;
	var lng = 0;
	for (i in station) {
		lat += station[i][1];
		lng += station[i][2];
	}
	lat = lat / num;
	lng = lng / num;

※上記で算出されたlatおよびlngの値を「center: new google.maps.LatLng(lat, lng)」のように、centerに渡します。
※「station」は、「$('#googleMap').gmap(stations);」で実行している関数の引数です。