Windows2000サーバーでCドライブの容量調査をする方法はありますか？

フリーソフトの「DriveAnalyzer」はいかがでしょう。フォルダ毎の容量を表示してくれます。

FileSumが一番使いやすいですね。

http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se030005.html

エクスプローラーで[ツール]-[オプション]-[表示]タブを開いて

・「すべてのファイルとフォルダを表示する」をオン

・「保護されたオペレーティングファイルシステムを表示しない」をオフ

にしてチェックしてみてください。

ユーザープロファイルをCドライブから動かしていなければ、ネットをブラウズしただけでキャッシュが溜まっていっぱいになったりします。

あとWindows Updateかな。

winduを使っています。

Vector：windu (Windows95/98/Me / ユーティリティ) - ソフトの詳細

cドライブが巨大化するのは大抵アンチウィルス関係かログ関係のように思います。

とりあえずどのディレクトリが容量を使っているのかを確認するといいのでは。