e-Taxと年末調整の関係について教えてください。

まず、ご質問にある条件が、税額に影響するかどうか検討してみます。

1. 確定拠出年金をかけた（給与天引きでなく銀行引き落とし）。
2. 源泉徴収なしの特定口座を今年開設し株をやった。
3. 投資信託から分配金を受取ったが源泉徴収されている。
4. 昨年設定した投資信託を今年解約して損が出た。
5. 医療機関にはかからなかった。
6. 火災/生命保険等はかけていない。

1⇒年末調整、確定申告のいずれでも申告できる。

2⇒20万円以上の所得があれば確定申告が必要。

4⇒税額に影響しない。個人の雑損控除は、災害・盗難などの被害を受けた場合に適用されるため。

3, 5, 6⇒税額に影響はしない。

次に金額の検討です。

電子証明書取得に1,000円、カードリーダー購入に3～5千円かかります。

一方、還付金は満額5千円で、平成21年度以降も行われるかどうかは未定です。

よって、平成21年以降も還付金制度が継続され、確定申告しなければならないような副収入もしくは年金・保険の支払いがなければ、e-TAXを利用するメリットはないと言えます。

ただし、副収入が20万円以上あるようでしたら、確定申告の義務が発生します。この場合、e-TAXの方が書類より手続きが早いので、nekonamiさんご自身の時間単価を勘案し、メリットがあるかどうか判断されるといいでしょう。