ドメインがレジストラ都合によって急に削除されることがあると聞きます。これを防ぐための方法はありますか？この会社経由でドメイン契約したほうが良いとか、このレジストラは監視が厳しいとか。

例えば、あなたが運用しているサイトを訴える代わりにそのサイトで使用しているドメイン名の管理業者（レジストラ）を訴えてサイトを運用できないようにするという事案はありますね。

米裁判所、内部告発サイト「Wikileaks」のドメイン使用禁止命令を撤回

http://www.itmedia.co.jp/news/articles/0803/04/news015.html

あるいは、レジストラの都合で削除されるという事例として1文字の.la(ラオス)ドメイン名が政府の都合によって削除されたという事も起きていますね。

3年ほど利用していた1文字ドメインがレジストリに削除されてしまいました。

http://q.hatena.ne.jp/1201181481

ドメイン名が削除されるのではなく他者がドメイン名の権利を主張して紛争になり結果的にドメイン名の権利が委譲されるという話は数多くあります。

WIPOによるドメイン名紛争統一処理方針(処理方針)についてのガイド

http://www.wipo.int/amc/ja/domains/guide/index.html

ドメイン名の不法占拠による紛争が急増，WIPOがレポート

http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/NEWS/20080331/297494/

基本的には法律に反していない、あるいは公序良俗に反していなければドメイン名を削除されるということは起きません。

例外的に、ccTLD(国別のドメイン名)でその国の政府の意向で削除されるという可能性は否定できません。（現実に起こっている）

対策としては、無関係な国のccTLDは使用しない。使用するドメイン名はgTLD(.com/.net/.org/.info/.biz等)か、自国のccTLD(日本なら.jp)を利用することが大前提になるでしょう。

また、ドメイン名の文字列もいたずらに他者の利益や権利を損なうものでないように注意した方がいいでしょう。少なくともあなたに関連(権利)のある文字列で登録すべきです。

全く単にレジストラの都合で削除されるということはありません。何らかの他者からの圧力でのみそういった事が起こります。したがって、どのレジストラがベストだという事は一概には言えません。