1.菊地准の「戯曲 アルジャーノンに花束を」を使う場合は劇団昴に、もしくは劇団昴経由で菊地准に許可を得るということでよろしいでしょうか？
2.上記の「戯曲 アルジャーノンに花束を」をベースに自分たちで大きく（役名を変えるほど）脚色し、
クレジットで「原作 ダニエルキイス」のみ記載したい場合はどのように手続きをすればよいのでしょうか？
検索してみると、特にアマチュア劇団、学生劇団ではその形をとって上演されているところも多いようなのですが。
No.1
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http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A2%E3%83%AB%E3%82%B8%E3%83%A...
1.そうなります。
元はダニエル・キイスによるSF小説であり著作権もそちらにありますが、菊地准はそこから著作権の譲渡を得て演劇を制作したと思いますので、菊地准か劇団から複製権や上演権などを一時的に譲渡してもらうことになります。
2.おそらく菊地准に許可を得れば大丈夫です。
著作物を脚色して使用する場合は翻案権の譲渡が必要になりますが、菊地准はすでにダニエル・キイスからそれを得て演劇を創作したはずですから、菊地准から許可を得れば大丈夫だと思います。
ただ、この翻案権の契約について例えば「創作物の権利を他者に譲渡しない」など何か制限をされてる可能性もありますので、その場合はダニエル・キイスに直接許可を得る必要があります。
しかし脚色の範囲は明文化されていないため、役名の変更やある程度のストーリー変更ぐらいなら翻案権は必要無い可能性が高いです。
文化祭という小さな場所での演目ですし、現実には複製権や上演権などだけで大丈夫だと思います。
No.2
60637
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まず、その公演で入場料をとりますか？とらないというのであれば、1.については不要です。2.については許可が必要です。
非営利・無料・無報酬で脚本を上演する場合には、著作権者の了解なしにできます（第３８条第１項）。なお、この特例は、練習等のために脚本をコピーして部員に配布することまで認めていないので、脚本をコピーする場合は、原則として著作権者の了解が必要です。また、部分的に脚本を書き直すことについては、著作者の意に反するような改変をすると、著作者人格権の一つである同一性保持権(第２０条)の侵害になりますので注意が必要です。
というわけで、以下を参考になさってください。
http://bushclover.nime.ac.jp/c-edu/answer.asp?Q_ID=0000308
http://bushclover.nime.ac.jp/c-edu/answer.asp?Q_ID=0000444
http://www.bunka.go.jp/chosakuken/index.html
当方が知っている大学の劇団の公演は、「入場料無料、但し、カンパは受け付けます」という形で行われていて、おそらく上の問題を回避しているのではないかと思われます。（関係者に直接聞いたことはありませんが…）
大事なことを書き漏らしてしまいすみません。
入場料は取ろうと思っています。おそらく500円ほどで、動員数が250～300人ほどを見込んでおります。
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ありがとうございます。劇団の方に連絡を取ってみます。