私はサイト内のトップページへのリンクをindex.htmにしています。ドメインがhttp://test.com(例)なのでサーバにアップロードしたさいに、トップページへのリンクが自動でhttp://test.com/index.htmとなるので、ドメインを変えてもサイト内のトップページへのリンクを変更しなくてもすむので楽だからです。

１：不利です。

どちらでもいいので、統一する方がいいです。

２：トップ等のように、相対リンクにしておけば、ドメインを変えても大丈夫です。

または、ドメインを変えたときに、ドメイン名のみを一括で置換するといいかもしれません。

テキストエディタなどでできます。

３：どちらでも同じです。統一した方がいいです。

とにかく、リンクされるＵＲＬを統一すれば、どちらでもいいです。

ドメインを変えたときは、置換すればいいだけです。

ＨＴＭＬファイルをテキストエディタで一括で開いて、

一括でドメイン名を置換すれば、一瞬で終わりますよ。

複数ファイルを一気に置換するツールは一杯あります

たとえば、

http://akky.cjb.net/download/speeeeed.html

とか。

1. 不利です。

どちらかに統一すべきです。

できれば ～/index.html へのアクセスを ～/ に転送するのように、サーバ側の設定で強制的に集約することが望ましいと思います。

2. index.htm ではなく / にリンクすれば良いのではないでしょうか?

3. あってもなくてもいいので、どちらか片方に統一すべきです。

私は、www 付きのアドレスにアクセスされたら www 無しの方に転送するよう、下記のように httpd.conf で設定しています。

<VirtualHost *>

ServerName www.example.com

RedirectMatch permanent (.*) http://example.com$1

</VirtualHost>

「wwwあり SEO」で検索してみると、他にも色々参考情報が見つかります。

wwwありとwwwなしの両方でインデックス - SEO以前の問題によれば、httpd.conf がいじれなくても mod_rewrite で同等のことを実現できるようです。

RewriteEngine on

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.example\.com

RewriteRule (.*) http://example.com/$1 [R=301,L]

1.　トップのインデックスファイル名がindex.htmlであれば、大した違いはないはずです。

2. 相対パスを使ってください。

　　例) トップページ

親ページ

基準となるURIはbase要素で指定できます。

http://bakera.jp/ref/html/element/base

3. どちらでも同じですが統一したほうがいいでしょう。