AVIファイル、MPEGファイルを

デスクトップのキャプチャではなく、動画を直接変換したいのですよね？

flvへの変換だとRiva FLV EncoderやMediaCoderあたりが定番だと思います。

http://www.katch.ne.jp/~kakonacl/douga/flashvideo/flashvideo.htm...

http://www.katch.ne.jp/~kakonacl/douga/mediacoder/mediacoder.htm...

あんまり考えなくていい方法としては，FLV物置の↓とかを使うと楽。

http://tokyo.cool.ne.jp/keinw/flvenc.zip

すでに一通り設定されてるので，ダウンロードして解凍してフォルダの中にあるFLV1enc_D&D.batってファイルに動画ファイルをドラッグすると，たいがいの動画ファイルがflvになります。npassも可。

より高画質を狙うとか，ビットレートやファイルサイズを抑えたいとかでなければこれが手軽。ちなみに中に入ってるのは全部フリーソフトのはず。

動作は単純に音と動画のビットレートを指定（例示されてるそのままでOK）するだけ。一回変換が終わったあとにリターンを押すとnpass（何度も変換を繰り返しながら省サイズ高画質化する）もできます。

より高度なのはエンコード設定 - ニコニコ動画まとめwikiあたりを見るのがよさげ。ニコニコに限らず使える知識が豊富。

http://cowscorpion.com/MultimediaTools/SUPER.html