現在会社員ですが、6月より節税を考えて合同会社を設立予定です。

詳細な情報がないので、一般的なコメントになってしまいますが、目的は節税、収入は1000万ぐらい、事務所と住居は別、ということで回答してみます。

節税のために会社を立ち上げるのであれば、自分で会計を行なうというのが基本です。ある程度勉強すれば、自分で出来ます。会計士を雇うことになれば、節税の意味がありません。

決算期の公告の必要がないので毎月の会計をしっかり閉めていれば問題ないはずです。

諸経費を引いた後の収入が1000万円で税金のみに注目するのであれば、均等に分配するのが一番の節税になります。しかし、お母さんに関して、扶養、年金、健康保険等についても考慮する必要があるので、この点はなんともいえません。経費を引く前が1000万円であれば、とにかく控除と経費を増やすことを考える方が先です。

控除と経費を引いて課税所得を0に出来れば、一番いい状態ですね。

賃貸の場合、事務所代の心配より、賃貸契約の方の問題が生じる可能性が高いですが、大丈夫でしょうか。個人で賃貸→法人で賃貸では契約が異なるので通常は新たに賃貸しなおすことになります。場合によっては、借りられないこともありますし、勝手に事業所としてしまったら、契約違反になるはずです。

設立前の費用に関しては、準備期間の経費として認められますので、設立前でも法人名義で借りる事をお勧めします。

敷金礼金も法人費用から出せます。

失礼かもしれませんが、合同会社より個人事業で始めた方が良い状態かもしれない、と感じました。

経理に関しては、簡易帳簿も選べますし、複式帳簿を勉強すればその分控除が増えます。法人に必要な会計知識をつけることが出来ます。

また、個人事業であれば設立経費もかかりません。

節税のために経費を掛けるというのもバカバカしいので、取り敢えず1～2年間個人事業でやって、それから法人設立でも良いかと思いますが、いかがでしょうか。

http://www.uchida.co.jp/data2/soho/tyousa/crn3/crn3-2.html

・取引先は１社、振り込みは月一回、SEですので仕入れ費などは存在しません、PCソフトで自分で会計をすることは難しいでしょうか？

自分で会計をしたほうがいいです。

よくある会計ソフトで十分対応出来るレベルです。

・合同会社の場合は決算期に各月の経費等があれば良いと言う認識でよいでしょうか？

大丈夫です。

・1000万以上の収入がある場合、基本、自分と母（雑務を頼みます）がそれぞれ、695万円超～900万円以下　23％の所得税、195万円以下、5％の所得税とするのがかしこい節税方法でしょうか？

これに関しては個々の細かい状況によって異なるので確実なことは言えません。

概ねそういった感じで捉えていいと思いますが、税務相談されたほうが良いと思います。

・父親は一級障害者で、母は収入が100万円以下です。この場合は扶養家族にした方が節税になるのでしょうか？

扶養に入れておいたほうがいいです。

・会社の方は総収入-(必要経費＋=0円)にするのが節税になると考えてよろしいでしょうか？

それはもちろんです。

しかしやりすぎて脱税扱いされないように注意。

・事務所代は法人名義で借りないと経費にできないでしょうか？会社設立より前に借りたいのです。

法人名義じゃなくても大丈夫です。

ただし必ず領収書の保管はしておいてください。

・敷金礼金はどういった扱いになりますでしょうか？

同様です。どちらも法人扱いで処理してください。