(1)Windows2000、WindowsXP、WindowsVistaでの、ファイル名に使用される文字コード。

質問の意味が分かりませんのでもっと具体的に説明する必要があると思います。
Windows (2000/XP/Vista)の内部管理的にはすべてUnicodeですが、それが分かったところで何か意味があるとは思えません。
フォント名のことを言いたいのでしょうか？

コメントありがとうございます。

Windowsではファイル名に日本語が使用できると思いますが、日本語なので当然何かしらの文字コードが使用されていると思います。
今回の質問(1)はこの文字コードをお尋ねしています。

なお、確証は無いですが、WindowsXPではファイル名に使用される文字コードはShift-JISのようです。
Windows上で日本語のファイル名をつけたファイルをアップロードし、文字コードを自動判別しないFTPクライアントを使用して確認したところ、Shift-JISに設定した場合のみ、文字化けせずに見ることができました。

(2)、(3)については用語を間違えていました。すいません。
バルーンメッセージと呼ばれるもので、以下URL先のようなものになります。
http://www.iodata.jp/support/before/use/200502/images/ramp01.gif
この中に日本語を表示させる場合の文字コードが、質問内容になります。

引き続きよろしくお願いします。

詳しくないのでここにコメントします。

>>
日本語なので当然何かしらの文字コードが使用されていると思います。
<<
日本語かどうかは関係ありません。ASCIIだって文字コードです。

>>
WindowsXPではファイル名に使用される文字コードはShift-JISのようです。
<<
ファイルシステムによると思いますが、NTFSの場合はUnicode、FATの場合はShift_JIS（現在のコードページに従う？）だと思います。

FAT、HPFS、NTFS ファイル システムについて:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;JA;100108

>>
文字コードを自動判別しないFTPクライアントを使用して確認したところ、Shift-JISに設定した場合のみ、文字化けせずに見ることができました。
<<
NT系のWindowsは、ardarimさんがおっしゃっているように内部コードはUnicodeです。ですが、APIにはマルチバイト文字用とワイド文字用とがあって、マルチバイト文字用のAPIを使って文字列を取得すると、現在のマルチバイト文字のコードページの設定に基づいて変換されます。

コメントありがとうございます。

なんとかそれなりの答えが見えてきました。
Bookmarkerさんの言うAPIをヒントに調べてみたところ、
以下のページにたどり着きました。

http://www.atmarkit.co.jp/fdotnet/dotnettips/025w32string/w32string.html

ざっくりまとめてしまうと、こういうことになりそうです。
・Windows9x系では基本的にShift-JIS。
・NT系では内部はunicode、入出力時は基本的にShift-JIS。
※日本語版の場合

バルーンメッセージもAPIで操作することを考えれば同じになりそう。

ところで、この質問はコメントは頂きましたが回答がありません。
終了するとどうなるんでしょうか。
下手に終了して消えてしまうと困るので、ardarimさんBookmarkerさんはなんでもかまわないので回答してもらえると、ポイント配って終了できるのでいいかなと思います。