They were going to go to the supermarket together.

> これは文法的に何て言うの？

単なる「過去形」では？

> willは(1)(2)どちらのニュアンスでも使えるってこと？

ニュアンスが違います。詳しくはこちら：

http://eigo.be/grammar/will.htm

will の場合、話しているまさにそのときに決めた意図に焦点がある。例えば約束するとき、申し出るとき、または相手に決断を促すようなときに使う。

be going to はすでに決めてある予定について述べる

というわけで、be going to と　will では訳が違います。

「彼らは一緒にスーパーに行くつもりだった」なら：

「They were going to go to the supermarket together.」

wouldだと、たとえばこんな感じで：

「（もし時間があれば）彼らは一緒にスーパーに行っただろう」

「They would have gone to the supermarket together (if they had time)」

> (1)は中学校で習う文法、(2)は高校？それとも両方中学？

文法的には両方とも中学で習うと思いますが、ニュアンスの違いまで説明されているかどうかは定かではないです…。

過去進行形です。

http://www.geisya.or.jp/~mwm48961/english/ing3.html

今、目の前で起きれば現在進行形で表すようなできごとが過去にあって、それについて表す場合、と考えればよいでしょう。

They ARE going to go to ...

が過去のできごとになった場合ということになります。

「彼らはいっしょにスーパーに行くところだった/行こうとしていた/行くつもりだった」

感じとしては、「出かけようか」という体勢に入った感じだと思います。

will と be going to の違いは、上の方の回答にも示されているとおり、ニュアンスが違います。また、would のような過去形は、実際はそうではなかったが、という意味になります。これは日本語も同じ発想ですね。

中学で習うようです。

http://www.geocities.jp/happy_proposal/20.html

　かつて「will = be going to」と機械的に習いましたが、それほど単純でもないような？　少なくとも過去形にして、They would go to the supermarket together.　と言ってしまうと、実現しなかった現在すなわち「彼らは一緒にスーパーに行けばよかった」という仮定法過去になってしまいます。「彼らは（そのとき）一緒にスーパーに行くところだった」というニュアンスは、まさにこの言いかたがいちばんいいように思います。現在形のThey will go to the supermarket together.とThey are going to go to the supermarket together.も、ニュアンスがちがいますよね。willは意思を表すし、going toだと実現可能な単純未来をあらわしますね。

　willがwere going toとはならないので、(2)はないかな。(1)は中学校で習いますが、過去形になって仮定法なら確か高校に入ってから習うように思います。

過去進行形です。

Will=Be going toは同じ未来系ですが、ニュアンスとして思いつきと予定に分けられます。

なので訳は彼らは一緒にスーパーに行くつもり(予定)だったとなります。

中学では予備知識として学びました。