EC-CUBE(http://www.ec-cube.net/)をレンタルサーバーに設置してみたのですが、「.htaccess」をアップしたら、どのページにアクセスしても「Internal Server Error」になってしまいます。どういった原因が考えられますでしょうか？

.htaccessにphpの設定を書けるのは、phpがapacheモジュール版で動作しているときだけです。お使いのサーバーのphpは実はcgi版ではないですか？

情報が少ないので外しているかも知れませんが。どこのサーバでどんなプランか書いてもらえればもっと素早く適切な情報を得られると思います。

apacheモジュール版ですよ、ということであれば

php_valueではなくphp_flagで設定する必要がある、という話ですかね。

php_value  mbstring.language              Japanese
php_value  mbstring.http_input            EUC-JP
php_value  mbstring.http_output           EUC-JP
php_flag   auto_detect_line_endings       on
php_value  output_handler                 mb_output_handler
php_value  default_charset                EUC-JP
php_value  mbstring.internal_encoding     EUC-JP
php_flag   mbstring.encoding_translation  on
php_value  mbstring.detect_order          auto
php_value  mbstring.substitute_character  none
php_flag   magic_quotes_gpc               off