SDメモリーカードをFAT64というやつでフォーマットしたいのですがwindowsXPからではfat32しか選択できません。どうすればFat64でフォーマットできますか？

>format X:(SDカードのドライブ名) /fs:FAT /a:64K

上記方法は、２Ｇ前後の容量を境に /A:64Kを指定すると
エラーになってしい動作しなくなります。
しかし、何故か /a:64kを省略すると FAT16の一般的
上限4G迄は初期化が64Kで出来るようになります。
初期化が成功した場合でも勝手にFAT32で初期化されたり
クラスターサイズを変更される場合があるので
初期化が完了したら必ず
chkdsk X: (SDカードのドライブ名)
で再確認をお勧めします。

また
「指定されたクラスタ サイズは FAT16/12 には大きすぎます。」
のメッセージがでた場合は、FAT32や違うクラスタサイズで
初期化されています。

通常

format X:(SDカードのドライブ名) /fs:FAT

で初期化を無条件にした方が最適なサイズが選ばれる
ので必要がない限り指定は不要

但し、64Kで初期化した場合 2Gを超える場合
使えるＯＳに制限があります。
http://support.microsoft.com/kb/118335/JA/