統計用の解析言語、S-PlusとRの言語(文法)的な仕様の差を教えてください。

SとRの比較については，こちらの方にかなり詳細な説明があります．

日本語変数については，「euc環境では変数の値には、日本語の文字列は問題なく扱うことができます。sjis環境では、2バイト目が0x5cの物は(例 表 -> 表￥ )となってしまいます。日本語変数名パッチをあてれば、sjis環境でも変なエスケープはされなくなります。」とうことだそうです．

「代入に _(アンダーバー)が使えなくなった」というのが具体的にどういうことなのかよくわかりませんが，変数名には一般的な文字のほかに . _ を使うことはできます．ただし，

-一般的な文字と . 以外は先頭には使えない

-先頭が . の場合，2文字目は数字以外

という制限があります．