一つのLinuxサーバ上で、2つの異なる設定のApacheを起動する方法について、詳細な手順が書かれたページを教えてください。

僕自信は試したことがないのですがApache 1.3とApache 2.0の共存は出来るようです。

これでそれぞれの設定にしてみたらどうでしょうか？

一つのバージョンでとなるとちょっとわかりません。

ここより引用

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当然ですが、2.0を起動する前にデフォルトのデーモンを止めることを忘れずに。逆に、デフォルトのデーモンとカブルところが無いので、同時に起動することもできます。取り敢えず試験をするなら、ポート番号を例えば8080(proxyで使ってなければ）等にしておけば、同時起動できますので十分試験したあとで移行できます。

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です。おそらくポートを共有して同時起動は不可能かと。基本的にApacheはリクエストに対して個別にプロセスを起動します。それで重いのであれば、同時起動するとさらに重いはず。どうしてもファイル配信を別プロセスでしたいならばFTPを使う、もしくは別のポートに飛ばすなどをすれば問題ないと思います。